Analyse de Microbiote : Comment choisir le bon test ?

Introduction

Un nombre effarant d’études scientifiques à l’échelle internationale portent sur le microbiote intestinal notamment, en lien avec le rôle qu’il joue sur notre santé physique et mentale. Différentes données nous montrent que selon sa composition, nous pouvons présenter des symptômes ou manifestations diverses, voire même certaines pathologies.

Saviez-vous qu’il existe des analyses permettant de connaître une partie de celles et ceux qui habitent au sein du microbiote intestinal, leurs activités et le niveau d’équilibre de ses composantes ? Est-il possible pour chaque personne d’avoir son propre profil pour ensuite, apporter les ajustements nécessaires à son mode de vie ?

Il existe plusieurs types d’analyses de microbiote intestinal sur le marché international, certaines plus pertinentes que d’autres, d’où la frilosité encore présente de l’utiliser comme outil clinique. On peut vite se perdre dans les données recueillies et surtout, choisir le mauvais type de test en fonction de nos symptômes. Il est donc important d’être bien informé sur les différentes méthodes et leurs limites.

1. Gène 16S rRNA

C’est une méthode largement utilisée pour identifier et comparer les bactéries au sein d’un échantillon donné. Le gène 16S rRNA est fortement conservé chez différentes espèces bactériennes, permettant aux chercheurs d’identifier les bactéries en séquençant cette région génétique spécifique.

Avantages du gène 16S rRNA

• Rentable : Moins coûteux par rapport à d’autres méthodes de séquençage.

• Largement utilisé : Technique bien établie avec des bases de données de référence étendues.

• Rapide : Fournit des informations rapides sur la composition bactérienne d’un échantillon.

Inconvénients du gène 16S rRNA

• Portée limitée : Ne cible que les bactéries, omettant d’autres microorganismes comme les virus, les champignons et les archées.

• Limitations de résolution : Peut ne pas faire de distinction entre des espèces ou des souches étroitement liées.

• Biais : Susceptible au biais d’amplification (exagération des résultats), ce qui peut fausser le rapport obtenu.

2. PCR (Réaction en chaîne par polymérase)

La PCR est une technique de biologie moléculaire utilisée pour amplifier des séquences d’ADN spécifiques, facilitant leur détection et leur quantification. Dans les études sur le microbiome, la PCR peut cibler des gènes spécifiques provenant de bactéries, de virus ou d’autres microorganismes.

Cependant, comme la PCR doit spécifier à l’avance quelles séquences d’ADN amplifier, cette méthode ne détecte qu’un petit nombre d’organismes prédéfinis au lieu d’identifier l’ensemble du microbiome.

Avantages de la PCR

• Très spécifique : Peut cibler et amplifier des séquences d’ADN spécifiques avec une grande précision.

• Rapide et efficace : Fournit des résultats rapidement et peut détecter même des organismes en faible abondance.

• Polyvalente : Peut être appliquée à une large gamme de cibles génétiques.

Inconvénients de la PCR

• Approche ciblée : N’amplifie que les séquences d’intérêt. En pratique, les méthodes PCR n’identifient que 20 à 30 organismes communs plutôt que les centaines d’espèces différentes qui vivent dans votre intestin.

• Biais : Susceptible au biais des amorces. Des pourcentages élevés de faux positifs ont été observés pour les tests microbiomiques PCR courants.

• Portée limitée : Ne fournit qu’une vue très limitée de l’ensemble de la communauté microbienne.

3. Métagénomique shotgun

La métagénomique shotgun est une méthode de séquençage avancée qui consiste à fragmenter aléatoirement tout l’ADN d’un échantillon, à le séquencer, puis à réassembler les séquences à l’aide de méthodes computationnelles. Contrairement au gène 16S rRNA et à la PCR, elle capture tout le matériel génétique d’un échantillon.

Avantages de la métagénomique shotgun

• Complète : Séquence tout l’ADN de l’échantillon, y compris les bactéries, les virus, les champignons, les archées et plus encore.

• Haute résolution : Fournit des informations détaillées jusqu’au niveau des espèces, voire des souches.

• Aperçus fonctionnels : Identifie les gènes et leurs fonctions potentielles, révélant les activités de la communauté microbienne.

• Science du microbiome : Permet de comprendre pleinement l’impact du microbiome sur votre santé grâce à une évaluation globale non capturée par les autres méthodes.

Inconvénients de la métagénomique shotgun

• Coût plus élevé : Plus cher en raison du séquençage extensif et de l’analyse computationnelle requise.

• Données complexes : Génère des quantités extrêmement grandes de données nécessitant des outils computationnels sophistiqués et souvent l'usage de l'intelligence artificielle pour l'analyse.

Pourquoi l’approche de Jona est différente des autres ?

Chez Jona, nous concevons qu’une compréhension approfondie du microbiome nécessite plus que l’identification de quelques espèces bactériennes. C’est pourquoi nous utilisons le séquençage métagénomique shotgun, une méthode qui surmonte les limitations du gène 16S rRNA et dépasse l’approche ciblée de la PCR.

Notre approche fournit une vue complète de l’ensemble de la communauté microbienne (bactéries, virus, champignons, protistes et archées) jusqu’au niveau des souches. Cette perspective holistique nous permet de comprendre toute la complexité du microbiome, incluant les voies métaboliques et la résistance aux antibiotiques.

Cependant, la technologie shotgun ne suffit pas seule : on pourrait facilement se noyer dans les données. C’est pourquoi le système unique d’intelligence artificielle (IA) de Jona déchiffre ces données en scannant systématiquement toutes les études scientifiques publiées. Cela permet de relier votre microbiome personnel à la science actuelle pour trouver des réponses concrètes et élaborer un plan personnalisé basé sur votre alimentation, votre mode de vie et vos suppléments.